دردفاع غیر اختصاصی مولکولهای پروتئینی هم نقش دارند . مثلا اینتر فرون که از سلولهای آلوده به ویروس ترشح میشودهو سبب ممانعت ورود ویروس به سلولهای سالم میشه یکی از این پروتئین ها است . اینتر فرون مترشحه در برابر یک ویروس میتونه از بدن در برابر ویروسهای دیگر هم دفاع کند. پس این ماده در دفاع غیر اختصاصی نقش دارد .
از مهمترین و جالب ترین پروتئینهای سیستم ایمنی در همه مهره داران پروتئین های سیستم کمپلمان یا پروتئین های مکمل هستند . این پروتئین ها کار دیگر اجزای سیستم ایمنی رو کامل میکنن . این سیستم پروتئینی متشکل از تعداد لااقل بیست پروتئین هست که در خون وجود دارن و از کبد یا ماکروفاژها و یا برخی سلولهای جدار روده ترشح شده اند . این پروتئین ها بطور طبیعی در خون غیر فعالند . اما اگر با باکتریها برخورد بکنند به شکل آبشاری فعال میشوند .
تا اینکه در نهایت میلیونها عدد پروتئین فعال شود . پروتئن های آخری که فعال میشوند یک مجموعه پروتئینی سیلندر مانند می سازند که بی شباهت به یک کانال نیست . این کانال به دلیل خاصیت آبگریزی که داره به راحتی در غشای میکروبها جای میگیرد و درون سلول رو به بیرون سلول متصل میکند . این عمل باعث لیز یا تجزیه سلول می شود . از این کانالها آب فراوان وارد میکروب میشود تا اینکه باکترد بترکد و یا اینکه محتویات باکتری مجددا از طریق همین منافذ تخلیه شود . ماجرای فعال شدن این پروتئین ها که نهایتا به تشکیل حلقه ها یا سیلندرهای پروتئینی منجر میشه ، بسیار جالب توجه وموضوع پیچیده ای هست . در کنار تشکیل این سیلندرها ( که به آنها کمپلکس حمله غشایی نام نهاده اند ) مواد دیگری هم تشکیل می شوند که در التهاب و جذب سلولهای خونی سفید به موضع زخم نقش دارند .